祖父石舟斎の死を契機に、兵介は十津川山中で百日の荒行に挑んだ。瞑想を続けるうち、兵介の心眼はとぎすまされ、石舟斎の霊に語りかけ、鳥たちの語らいをも理解できるようになり、剣技はますます冴えた。柳生の館に戻った兵介は叔父宗矩の命で、伊賀上野の筒井家をめぐり暗躍する百地、服部の忍者群と熾烈な戦いをくり広げる。