自由惑星同盟を完全に敗北させ、宇宙の九九パーセントを制圧したはずの皇帝ラインハルトだったが、その胸中には不満と不安がわだかまっていた。銀河の中に残されたそのわずかな領域とは、ヤン・ウェンリーの存在に他ならなかったのだ。決戦をもとめ、イゼルローン要塞に向けて進攻する帝国軍。しかしヤンの詭計により、ラインハルトの到着を待たぬまま、戦端は開かれていた。圧倒的な戦力差をしのぐヤン艦隊ー時を同じくして、地球教の張り巡らせた罠が、ヤン・ウェンリーの身に迫りつつあった…。