貧乏長屋に小判が投げ込まれるという奇妙な事件に、十手持ちの女親分・おゆうこと現代人の関口優佳は、かの有名な鼠小僧の仕業かと色めき立つ。そんな折、おゆうたちは旗本の御用人から内々に相談を持ち掛けられた。屋敷に侵入した賊に、金二十両と脇差ーかの妖刀・千子村正を盗まれたという。科学分析ラボの宇田川も江戸にやってきて、おゆうは鼠小僧の正体と村正の行方を追い始めるが…。