秀吉による九州平定後、佐々成政に代わって最も治めにくいとされる肥後隈本城に入った清正は、二十五万石の若き太守となり、同僚小西行長を助けて天草五人衆の一揆討伐へ。武力のみによる平定ではなく、無益な戦いを避けていかに人心を収攪して行くか。やがて主君秀吉の「領内に対する仕置き見事」の言葉とともに、新たな大役が…。