伊賀忍者の上忍として暗躍していた石川五右衛門。伊賀八郷が織田信長の軍勢に襲われ、数ある組織が漬滅させられていしまう。かつうじて逃げた五右衛門一党は伊賀忍者の怨念を晴らすため、信長をつけ狙うが、信長は本能寺で自刃してしまう。さらに信長の意を継いだ豊臣秀吉の命を狙うが、服部半蔵一党の画策や風魔一族の攻勢に遭う。緊迫した政治状況下、命を賭して秀吉暗殺に狂奔する五右衛門を待ち受けるものは…。