ロミ・品川とケン・十河は、遊園地の地下にある新しい部署に配属された。彼らは戦士として選ばれ、ロボットに乗って怪獣と戦うことを任務とされた。その部署の扉には“ＺＯＫＵＤＡＭ”の文字が。一方、永良野乃と揖斐純弥は、世界征服をめざしていた。“ＴＡＩＧＯＮ”という組織の名の下に。Ｚシリーズ第２弾、前作と内容的にまったく無関係なまま、粛々と開幕。