元南町奉行所の定町廻り同心ながら、船頭で生計をたてていた沢村伝次郎はある日、南町奉行所に呼び出される。待っていたのは、南町奉行の筒井和泉守政憲だった。筒井は、伝次郎に自分の右腕となって働いてもらいたいといい、快諾した伝次郎は奉行所の助をすることとなったのだがー。大人気を博した「剣客船頭」の後継シリーズがさらにスケールアップして開幕！