かつて同じ惑星探査船に乗り、バディとして任務に当たったカイと三四郎。数々の行き違いや事件を乗り越え、任務を終えた後、それぞれの道を進んだ二人は、カイの故郷である月で再会を果たした。義父で月行政長官のドレイクが悲願としてきた『月独立』を目指すカイは、三四郎やかつての仲間たちと共に新たな任務を開始。しかし作戦は次々とトラブルに見舞われ、ついに二人は窮地に追いまれてしまいー！？『青の軌跡』シリーズ、遂にクライマックス！