海賊たちは水源地をおさえて抵抗し、ひょうたん島の一部の土地をわけることで平和条約が成立する。トラヒゲは博士のつくった五右衛門風呂の蒸気機関車で鉄道を開設するが、暴走した機関車は海賊船と合体して蒸気船になる。海賊たち、トラヒゲはそれぞれの思惑で、稀代の怪盗アルセーヌ・クッペパンに接触する。そして、ひょうたん島を舞台にしたクッペパンの大作戦がはじまるが…。