少女は一切の記憶を失っていた。少女の両親を捜すうちに、祐介は少女に、植物の意思を読み取る特異な能力があることに気づく。一方、「ヒミコ」という新種の米が日本の食卓を席巻しつつあった。少女が発した「ヒミコが日本を滅ぼす」という謎の言葉。少女とヒミコの二つの点を結ぶ線が明らかになった時、祐介の眼前に、巨悪の企みが浮かび上がってきた。やがて忍び寄る殺人者の手…。ヒミコに隠された謎とは？殺人者の正体は？祐介は少女を、そして日本を守ることができるのか。