パンデモニクスの幹部・カイトとの戦いから一カ月。平穏な日常を取り戻したかに見えたミクたちだったが、組織はＩＡ-Ｓ（イアス）を諦めていなかった。組織に雇われたＶＹ２の非道で執拗な襲撃により、ルカたち自警団は次第に追い込まれていく。これ以上ルカたちに迷惑を掛けられないというイアスを新市街に送り届けたミクとレン。しかし、そこで待ち受けていたのは、メイコを生かすためイアスの奪還とミクの処分を命じられたカイトだったー。交錯するそれぞれの意志、新たなメンバーを加えた東京電脳探偵団の戦いが始まる！！