元服前の数え十四の雨宮龍平は、三年前、何者かに父を殺され、「いつかは仇を！」と心に誓い、北町奉行所の見習い同心となる。若いながらも天才的な記憶能力を発揮し、事件を解決してきた。そんな折、深川の長屋で猟奇殺人が発生。犠牲者は顔なじみの若い女・小夜だ。父の元同僚のベテラン同心・白土三右衛門と事件の探索に乗り出す龍平だが、謎の手に命を狙われる…。事件の裏に潜む陰謀に少年同心が斬り込む、シリーズ第１弾。