哨戒戦闘艦の搭乗員長谷部準ら、東猫小路高校図文部の面々は、地球の命運を賭けた一大決戦で独存派軍の強大な艦隊を撃ち破った。勝ち鬨を上げる彼らに、共存派軍の長老会議議長老綿毛人は、独存派軍が使う新兵器、空間再結合機構の出所を探って来てほしいと命令する。その特殊な秘宝探索作戦を命じられた彼らは勇躍（！？）、直立猫人や黄銅鉱人の住む銀河の果てへ出撃。だが、その行く手には未知の物体が待ち構えていた。