アメイジングなピーター・パーカーとアルティメットなマイルズ・モラレスが初遭遇した前作『スパイダーメン』では、“もう１人のマイルズとはいったい誰なのか？”という疑問が残されたまま閉幕した…。時は経ち、彼らの世界が融合した今、マイルズはピーターと同じ正史世界でスパイダーマンとして悪と戦い続けていた。そして、この世界で彼らは“もう１人のマイルズ”に関する謎を解くカギを見つけるのだが…２人のスパイダーマンは傭兵タスクマスターに行く手を阻まれることになる。はたして、マイルズはもう１人の自分を探すことはできるのか…そして、この事件の真相とは…。