南極大陸にある皇帝ペンギンの王国では、今日も歌姫グローリアの美しい声がひびき、夫のマンブルは軽やかなタップダンスでこたえる。だが、ふたりの息子エリックは、歌もダンスも苦手だった。エリックは悩み、ラモンといっしょにアデリーペンギンの王国へ行ってしまう。そこには、ふしぎな空飛ぶペンギン、スベンがいた。そして、皇帝ペンギン王国に、かつてない危機がおとずれー。