「賢者の石」を狙う謎の影がホグワーツに迫る。「賢者の石」とは何か。だれが石を手に入れようとしているのか。ホグワーツの教師に疑惑を持ったハリーは、ある事件をきっかけに固い友情で結ばれたロン、ハーマイオニーとともに探索に乗り出し、勇気と機知と行動力でついに闇にひそむ巨悪を追いつめるー。