西暦２２０５年。歴史の改変を目論む“歴史修正主義者”によって過去への攻撃が始まった。時の政府は、それを阻止するため“審神者”なる者を各時代へと送り出す。審神者とは、眠っている物の心を目覚めさせ、自ら戦う力を与える技を持つ者。その技によって生み出された付喪神“刀剣男士”。刀剣より顕現せし“刀剣男士”と共に歴史を守るため、審神者なる者は過去に飛ぶー。