異世界より召喚されし『神殺しの英雄』、山田蓮司。彼は魔神討伐後に姿を消すも、貴族の少女フランシェスカと出会い、村人に仇なす魔神の眷属を討伐する。その後魔術都市に到着した蓮司は、故あって魔術学院を訪れることに。そこにはかつての仲間である十三人の英雄、『大魔導師』芙蓉阿弥たちの姿がありー！？過去と現在が交錯するとき、英雄は未来への道を歩み出す！