著者は、旧来の「長崎学」が、長崎を日本文化の伝統に、朝鮮・中国のアジア文化、およびポルトガル・オランダなどの欧米文化、とくにキリスト教文化の影響を融合させた独特の文化圏として捉えてきたのに対して、「新長崎学」で「長崎学」のゆたかな遺産を受け継ぎながら、「きりしたん対反きりしたん」の枠組みの提示に見られるように、支配される人間の苦難の視点を打ちだして、文化や歴史を新たな視角から総合的に捉えなおすことを提起している。