十字架を嫌う様々な現象が世界中に増え広がっていた。この「十字架嫌悪シンドローム」をキリスト教会の脅威と感じた教理省長官ハンス・ラーナーは秘密会議を召集したが、謎が多く、会議は難航していた。そんな折、「十字架嫌悪シンドローム」解明の鍵となる情報が、日本の教会から届いたのである。傍観者的に会議に参加していた山本神父は、バチカンから、シンドローム発症者であるシスター・テレサの調査を命じられ四年ぶりに帰国。調査が進む中で、当初予想されたものとは全く違う事実が次々と明らかになり、やがて彼は巨大な運命の渦に巻き込まれてゆく。一方、教皇パックス一世が知った、キリスト教の歴史を覆す驚愕の真実とは？そして彼の身に一体何が起こるのか…京都からバチカンへ、十字架の真実は伝えられてゆく。