Ｒ島で広がりだしたＨ５Ｎ１パンデミックウイルスは、米国サンタフェの研究所から漏れ出たことが分かった。またその株はエジプトのカイロでも広がりだしていた。しかしカイロ株はさらに変異を遂げ、世界へ広がりつつあることが予想された。日本国内でのウイルス封じ込めと、世界における変異株の封じ込めに、遠田医師と友人の天才的ウイルス研究者と言われる岸本が挑む。２００９年、カイロ株が静かに潜航しながら豚インフルエンザに変化してゆくのに２人の研究者は気づくのだろうか…。