１８６６年、世界の海で「ある巨大なもの」の存在が報告されていた。巨大な鯨か、それとも一角獣か！？この怪物の正体を突き止めるべく、パリ博物館の教授アロナクスは、忠実な使用人コンセーユを従え、合衆国の軍艦に乗り込んだ。果たして怪物は、姿をあらわすのか！？永遠の名作、新装版で登場。