霧深い北海道、根室市に地響きとともに現われた巨大な影「ゴジラ」は、根室の街を火の海と化し、発電所を破壊して去っていった。それから数日後、日本海溝付近で発見された謎の岩塊は、活動を休止していた巨大ＵＦＯだった！！同じころ、茨城県東海村付近に「ゴジラ」が上陸。そして「ゴジラ」にひかれるかのように日本上空へ飛来する巨大ＵＦＯ。東海村で、そして東京西新宿で「ゴジラ」と巨大ＵＦＯのバトルが始まる！「ゴジラ・シリーズ」史上初の公式小説版、遂に登場。