天才数学少女の真鍋波瑠が手にした神社に眠る絵馬ー江戸時代の数学「和算」を学ぶ者たちが神様に奉納した“算額”に、暗号めいた落書きが魔法のごとく浮かび上がる。波瑠と巫女探偵の千明はこれを和算の定理だと解読するも、次々と新たな数式が消えては現れる。謎の出題者との“算法”をめぐる往復書簡が続くうち、奇妙な算額が幕末に繋がるタイムトンネルだと気付き…。