円堂守をキャプテンとしたイナズマジャパンの世界制覇から１０年が経ち、サッカー界の様相は一変していた。「フィフスセクター」という組織によって、サッカーの勝敗までもが管理されていた。サッカー少年・天馬は、自分たちの手に本当のサッカーを取り戻そうと、仲間たちとあらかじめ決められた勝敗結果を無視して大会を勝ち進む。そこへ、ナゾの島で行われる強化合宿への参加命令が届き…。