有名音楽アカデミーで爆破事件が発生！現場からはフルートの一部が発見された。続いて２人、アカデミー卒業生が殺され、現場でフルートが見つかったことで連続殺人事件として捜査が始まる。一方、コナンたちはアカデミーの創設者が作った新しいホールのこけら落としコンサートに招待され、リハーサルで絶対音感を持つソプラノ歌手・秋庭怜子と出会う。秋庭もまた、何者かに狙われていることを知ったコナンは！？