京都の山能寺にやってきたコナンたち。寺から盗まれたご本尊のありかを示す謎の絵が届き、その絵の暗号を解いて欲しいという依頼が毛利小五郎にきたのだ。コナンは仏像を盗んだのが“源氏蛍”だと推理。源氏蛍は有名な仏像を盗む盗賊団で、最近メンバー５人が殺害されていた。さっそく京都の町に探索に出たコナンは、同じく捜査中の服部平次と再会。ふたりで犯人の手がかりを捜し始めるが、その途中、平次が不審な男に襲われ負傷。しかも和葉がさらわれてしまい…！？