マサラタウンに暮らす少年サトシは、ポケモントレーナーになる資格を得る１０歳の誕生日を迎える。オーキド研究所でパートナーになるポケモンをもらうはずが、寝坊をしてしまったサトシに残されていたのは、人間に懐こうとしないピカチュウだけで！？「キミはオレがキライ？オレはキミが好きだよ！」ぶつかり合いながらも友情を深めていくふたりは、旅立ちの日に見た伝説のポケモン・ホウオウに再び会いに行くことを誓うが、そこに強敵が…。ふたりはホウオウにたどり着くことができるのかー！？すべてのポケモンファンに贈る、サトシとピカチュウの「出会い」と「約束」の物語！！