ケイローン軍の長距離偵察戦闘艦隊に選抜された恵一たち地球軍独立艦隊の２０名をはじめとするメンバーは、秘匿された辺境の星系で、奇怪なシルエットを持つ粛清者の旧型戦闘艦に偽装した新造艦の習熟訓練に必死で取り組んでいた。めざすは２５０万光年離れた粛清者の支配星域、アンドロメダ銀河！一方、太陽系の特別士官学校では、新たに入学した第二期練習生８００名が、きびしい訓練の日々を送っていた…待望の第２部、開幕！