各地で起こる異変や悪事に対応するため、将軍家斉に諸国悪党取締出役を任ぜられている飛川角之進。「飛騨の山中に暗雲あり」との託宣が出たと、幕府の影御用を務める宮司の大鳥居大乗から聞き、補佐役の春日野左近と手下の草吉とともに飛騨高山へ赴く。そこでは新たな郡代が着任した頃から、怪しげな教えの黒卍教が広まり、高山の城下では娘や若者が姿を消す事件が起きていた。