米大統領ルーズベルトは連合国側の最終勝利のためにマリアナ諸島を制圧、そこを拠点に長航続距離を誇るＢ２９により、首都東京爆撃を敢行しようと作戦を立てる。日本軍令部長直属の内田大佐は、レーダー、暗号解読などの情報戦の重要さを認識し、夜間飛行も可能な秘密スティルス機「虹雲」などを開発、連合国軍を迎え撃つ準備を整えていく。一方、潜水空母「若狭」と秘密攻撃機「鷲王」は、敵機動部隊を攪乱するために米本土サンフランシスコ湾に奇襲をかけ、金門橋を破壊する。マリアナをめぐる攻防戦が本格的に開始される。