水野忠邦が推進し、鳥居耀蔵が担う印旛沼開拓の普請場で、印旛沼狒々なる怪物が役人を殺したと江戸は大騒ぎに。開拓から手を引きたい沼津藩の仕業ではと疑いの出る中、調べを行う闇御庭番菅沼外記は、三つ鱗の紋をつけた謎の軍団に襲撃される。水野、鳥居の企みと、沼津藩を巡る大きな陰謀に巻き込まれた外記は、闇御庭番として最後の成敗へと向かう。シリーズ完結。