パナマ運河作戦で帝国海軍の誘導噴進徹甲雷弾によって損傷をうけた米国大西洋艦隊は、艦船を修理するため、サンディエゴ鎮守府に向かっていた。大西洋艦隊を痛撃するにはいまがチャンスだと考えた山本五十六大将は、九七式飛行艇部隊に出撃を命じる。こうして、再びメキシコ沖で激しい戦闘が開始された。太平洋戦争のゆくえを左右する作戦の結末は-シリーズ完結編。