十年前、旗本二千石本多隼人正は若年寄配下の先手組頭として諸国を探索中、長崎の丸山遊郭で十一歳の禿と出会い、故あって養女とし剣の技を教え込んできた。美しく成長した男装の美剣士・美涼は、深川八幡で破落戸の喧嘩に出くわし、助けた男は島帰りだった。これを機に美涼や隼人正の周りに不穏な輩が現れ、見えない敵との戦いが始まり、師父と養女の剣が闇を切り裂く。