世界各地で頻発する謎の天変地異ー国連災害会議で日本代表の尾形博士は、異変の正体を微小なブラックホール（ＢＨ）だと断定した。しかもそれは第二次大戦中の原爆開発と同時に誕生した兵器であると米国を追及したのだ。米政府はこれを否定。だが、暴走するＢＨ兵器は次第に成長し、地球を飲み込んでしまう可能性がある。人類滅亡の危機が迫っていた。日本政府は危機回避のため、最新鋭護衛艦「やまと」を改造し、ＢＨ兵器の捕捉に乗り出す。だが、改造のため横須賀に向かっていた「やまと」は、突如現われたＢＨに飲み込まれ、１９４２年６月のミッドウェイに飛ばされてしまった。ＢＨ兵器開発の発端がこの時代にあることを知る「やまと」艦長は、米太平洋艦隊の撃滅を決意。連合艦隊の協力のもと原爆の開発を阻止すべく、米本土への攻撃に挑むのだが…。