１９４５年４月、沖縄戦の真っ只中に２１世紀から時空転位した日本国・国防軍の原子力空母『大和』。奇しくもその場所は、戦艦『大和』が米軍機の猛攻に遭って最期を遂げた海域だった。戦艦『大和』轟沈の噴煙の中から現れた空母『大和』は、雲霞のごとき米軍艦載機を撃破、日本の興廃を賭けた戦いの渦中にいるという現実を知る。沖縄突入を決意した空母『大和』の山本艦長は、未来兵器によって米大艦隊を壊滅。さらにサイパン、グアムからも米軍を追い払うことに成功する。だが、日本の危機はまだ去っていなかった。アメリカは原子爆弾をトラック島に搬送、反攻の機会を窺っていたのだ。マリアナに出撃した『大和』は、原爆投下を阻止できるのか。