二〇〇四年、日本列島は大規模な地殻変動によって海面下に沈んだ！-九年後、時の内閣総理大臣・天童俊一の使命を授かった理化学研究所科学者・安武龍一らは、発明開発されたタイム・トラベル・マシン＝時航機『やしま』に乗って、真珠湾攻撃直前の昭和十六年十二月にタイムスリップする。その使命とは、沈没した国土の代わりとなる領土を、戦争によってあらかじめ獲得しておくよう歴史を改造する、というものだった！安武は、連合艦隊司令長官・山本五十六や総理大臣・東条英機らに対し、太平洋戦争に確実に勝利するための方策と英知を伝授。その一つが、戦艦「大和」をジェット機艦載の高速戦艦とすることだった。昭和十七年九月、大改造を終えた「大和」がついにその勇姿を現した！-。