１９４１年１２月８日、帝国海軍機動部隊の真珠湾奇襲は米戦艦八隻を大破撃沈するものの、敵主力空母の討ちもらしと港湾・燃料施設への不十分な攻撃によって、完全勝利は期待できない状況だった。だがそのとき、忽然と出現した謎の戦闘艦が戦況を一変させる。戦闘艦は未知の誘導弾によって米軍施設を壊滅させ、所在不明だった空母『レキシントン』をも撃沈してしまったのだ。大戦果をもたらしたのは２１世紀の護衛艦『やまと』。彼らむ歴史改変の野望の燃え、時空転移してきた海上自衛隊の反乱分子だった。次なる海戦に向け、更なる勝利へと邁進する『やまと』だが、その出現は、和平を望む山本五十六の思惑に反して、不測の迷走を日米戦に呼び込もうとしていた…。