ギルドに捕えられたリサは、巨大クルーズ船の船内に作られた研究施設で、『東方見聞録』の失われた章に記述されていた病原菌「ユダの菌株」の解明を迫られていた。そして、発症した患者のうち、ただひとり生き残った女性スーザンに解明のヒントがあると確信する。一方、グレイは両親を人質に取られたまま、セイチャンとヴァチカンの考古学者ヴィゴーの協力のもと、「天使の文字」を解読しつつ、『東方見聞録』の失われた章に記された場所にたどり着きつつあった。そして、モンクはリサを救出し、クルーズ船から脱出する算段を立てていた…歴史と科学の道筋が、ある世界遺産の一点を示す中、世界各地でも新たな患者が発生し始める…。果たして「ユダの菌株」とは一体何なのか？グレイの両親の運命は？そして、組織を裏切ったセイチャンは本当に信用できるのか…。