明治２７年、東京。碧の瞳を持つヘレン・愛子・コンデルは、「はかまめくり」の犯人を追ううちに、東京の侵略をたくらむ西洋妖怪の陰謀に巻き込まれてしまう！ヘレンは超お嬢様学校の同級生・加藤美七江、巫女の平井真奈、そして狐の九と天狗の十二様を仲間に、妖怪どもと戦う決意を固めるのであった。萌える乙女の浪漫、明治妖怪バスターズの活躍やいかに。