人間はソル星系の先までその繁栄の手を伸ばし、数えきれぬほどの惑星が彼らの“故郷”と呼ばれるようになっていた。しかし、新興の惑星では徴収された多額の税金が地球に住む人々のために使われていることに疑問を抱き、暴動を起こし始めていた。この状況に対し、“ＵＮＳＣ（国連宇宙司令部）”は数々の戦略をとったものの、それらはことごとく失敗していた。追い詰められたＵＮＳＣは、最後の望みとしてキャサリン・ハルゼイ博士を頼る。博士は、大量の遺伝子データを入手。最強の兵士スパルタンに育てるべく優秀な７５人の子供を選定する。その中には、６歳の少年、ジョンの姿もあった。彼こそが後にエイリアンとの絶望的な戦争の中で唯一の希望とされる“スパルタンー１１７”マスターチーフへと成長することを、今はまだ、誰も知らない。