１９３６年、世界征服の野心を抱くヒットラーはその所有者に無敵のパワーを授けるというユダヤ人の伝説的なアーク（聖櫃）に異常な執念を抱いていた。米軍謀報部はこれを察知し、考古学者インディにアーク探求の秘密任務を託す。そのために先ずは恩師アブナーが持っていた杖飾りをその娘マリオンから手に入れる必要があり、ネパールへ彼女を訪ねる。一方ナチスは既にカイロ郊外で発掘作業を進めており、インディとマリオンはカイロに飛びアークのありかをつきとめるが、ナチスにアークを奪われてしまう。命を賭けてアークを追うインディが最後に知ったアークの正体は。