ある日、毛利探偵事務所に大規模爆破を予告する電話がかかってきた。阻止する方法はただ一つ。犯人が残した謎の暗号を謎の暗号を解読することだ。残された時間は４５分。絶望的な状況に追い込まれても、事件の解決をあきらめないコナンだが、爆風の中、犯人を取り逃がしてしまう。犯人が計画性を持っていると推理したコナンは、次の爆発を阻止するために単独捜査に乗り出す。次のターゲットは一体どこなのか？果たして犯人は誰なのか？そしてなぜ、小五郎を狙うのか…。