２００４年、日本は地殻変動によりその姿を没した。沖縄を含む南西諸島だけはその惨禍を免れ、かろうじて日本は存続することとなったが、大半の日本民族は流浪の民と化した。西暦２０１３年、科学の粋を結集した時航機『やしま』は、過去にさかのぼり日本の歴史を書き変えるべく、太平洋戦争が今まさに始まろうとする時代に飛び立った。その使命をになったのは安武龍一、寺崎保、木代伸介の若き３人だった。安武の助言により真珠湾奇襲で「エンタープライズ」「レキシントン」を撃沈。３人は山本五十六の信頼を得て東条内閣や軍部の後ろだての下、新兵器の開発、高速超機動部隊の設立、樺太油田の開発、蒋介石との講和と着々と手を打っていった。一方、米国は巻き返しを計るべくフレッチャー少将率いる機動部隊がガダルカナルを急襲、戦場は南太平洋での決戦へと展開された。